Prodi Teknologi Rekayasa Otomasi Politeknik Negeri Madiun memiliki keunggulan spesifik yaitu: Menjadi Pusat Unggulan Pendidikan pada bidang Otomasi Industri dengan kekhasan Industri Transportasi dengan menghasilkan lulusan yang berkualitas dan profesional untuk memenuhi pasar nasional dengan konsentrasi di bidang:
- Desain dan implementasi sistem otomasi pada peralatan industri terutama Industri transportasi
- Pengembangan software pengetahuan, teknologi dan/atau seni pada sistem otomasi pada peralatan industri terutama bidang industri transportasi
- Pengujian dan komisioning sistem otomasi pada peralatan industri terutama bidang industri transportasi
- Pemeliharaan sistem kelistrikan dan otomasi yang berlaku pada industri terutama industri bidang transportasi
- Pemanfaatan sistem kontrol supervisi dan akuisisi data (SCADA) dalam perencanaan sistem produksi pada industri terutama industri bidang transportasi